Ο προθάλαμος μας εισάγει στο περιεχόμενο των εκθεμάτων και αποτελεί το εναρκτήριο έναυσμα για προβληματισμό στην ιστορία της εκπαιδευτικής ιστορίας. Υπάρχει μια πανοραμική παρουσίαση κάποιων ενδεικτικών εκθεμάτων που χρονολογούνται από το 1898-1964, όπως, για παράδειγμα, ένα ενιαίο σχολείο, μια σχολική τσάντα, το γραφείο ενός μαθητή, μερικές αντιπροσωπευτικές φωτογραφίες με τους μαθητές και τους εκπαιδευτικούς, απομεινάρια των λεσχών σπουδαστών από τη δεκαετία του πενήντα κατά την εφαρμογή του σχεδίου Marshal, δύο καμπάνες η πρώτη εκ των οποίων προέρχεται από το ναυτικό των ΗΠΑ και η άλλη από την περίοδο της αιγυπτιακής κατοχής της Κρήτης, όπως φαίνεται από την επιγραφή που είναι χαραγμένη επάνω της. Εκτίθεται ακόμη και η γνωστή Χάρτα του Ρήγα Βελεστινλή που εκδόθηκε για εκπαιδευτικούς σκοπούς και διανεμήθηκε σε σχολεία, καθώς και μια προτομή του Μεγάλου Αλεξάνδρου, για προφανείς λόγους: την ανάπτυξη της εθνικής ταυτότητας των μαθητών. Επίσης, υπάρχει ένας αριθμός εκθεμάτων που «μαρτυρούν» τις μεθόδους τιμωρίας των μαθητών...

Το Τμήμα με την ονομασία Διδασκαλείο - Παιδαγωγική Ακαδημία περιέχει στοιχεία από την ιστορία της εκπαίδευσης των εκπαιδευτικών στην Κρήτη (1901-1986). Στο κέντρο υπάρχει το γραφείο του διευθυντή του Διδασκαλείου και της Παιδαγωγικής Ακαδημίας, με σφραγίδες, συρτάρια για την τήρηση αρχείων, εικόνες από το προσωπικό και τους σπουδαστές/-τριες που χρονολογείται από το 1902, ένα άλμπουμ με φωτογραφίες αποφοίτων της Ακαδημίας και άλλα αντικείμενα γραφείου που χρονολογούνται από το 1915 καθώς και φάκελοι κοινωνικών φρονημάτων των μελλοντικών εκπαιδευτικών

Σπουδαστήριο Διδασκαλείου και Παιδαγωγικής Ακαδημίας Ηρακλείου. Πρόκειται για ένα πολύ σημαντικό Τμήμα του εκθεσιακού χώρου δεδομένου ότι σε αυτό βασιζόταν η μελέτη και η έρευνα των μελλοντικών εκπαιδευτικών, σύμφωνα με το αναλυτικό πρόγραμμα του Διδασκαλείου Κρήτης και της Παιδαγωγικής Ακαδημίας Ηρακλείου. Το υλικό ξεκινάει από την ίδρυση του Διδασκαλείου Κρήτης και επεκτάθηκε σταδιακά μέχρι το πέρας λειτουργίας της Παιδαγωγικής Ακαδημίας.

Αναπαράσταση της σχολικής τάξης από τα τέλη του 19ου αιώνα. Το Τμήμα αυτό χωρίζεται σε τρία επιμέρους τμήματα. Το πρώτο μέρος έχει τα περισσότερα εκθέματα και αποτελεί αναπαράσταση μιας νεότερης τάξης. Υπάρχει ο χώρος των καλλιτεχνικών μαθημάτων με την καλλιγραφία και τα μουσικά όργανα που χρησιμοποιούνταν στην τάξη, ενώ βιβλία, σημειώματα καλλιγραφίας και αντιπροσωπευτικές ζωγραφιές των μαθητών συμπληρώνουν το Τμήμα αυτό. Υπάρχουν ακόμη παλιές ραπτομηχανές που χρησιμοποιούνταν από τις δασκάλες για την εκπαίδευση των κοριτσιών στα Οικοκυρικά.

Η τελική υπο-ενότητα, είναι μια σχετικά νεότερη παρουσίαση μιας τάξης με τα γραφεία των μαθητών, χάρτες και οπτικά βοηθήματα στους τοίχους για τη διδασκαλία των φυσιογνωστικών μαθημάτων που χρονολογείται από τις αρχές του 20ου αιώνα.

Τμήμα οπτικοακουστικών μέσων. Εδώ εκτίθενται "τεχνολογικά μέσα" που χρησιμοποιούνταν στην εκπαίδευση. Αυτά περιλαμβάνουν γραφή, ήχο και εικόνα με γραφομηχανές και polygraphs, με συσκευές αναπαραγωγής δίσκων και με κινηματογραφικούς προβολείς, επισκόπια και επιδιασκόπια. Είναι σημαντικό να γίνει αναφορά στην πλούσια συλλογή από εκπαιδευτικές ταινίες της εποχής, που είναι λειτουργικές καθώς έχει καταστεί δυνατή η επαναχρησιμοποίησή τους από ομάδα συντηρητών του Κέντρου.

Ο τομέας των φυσιογνωστικών μαθημάτων, δίπλα από το οπτικοακουστικό τμήμα που περιλαμβάνει ένα παλιό σχολικό βαρόμετρο από το Παρίσι των αρχών του 20ου αιώνα, όργανα φυσικής και χημείας, πετρώματα, κοχύλια και απολιθώματα ζώων που χρησιμοποιούνταν για τη διδασκαλία της γεωλογίας, της θαλάσσιας ζωής, της φυσικής, της χημείας, της στερεομετρίας, της ανθρωπολογίας κλπ. Η συλλογή διαθέτει κουκούλια μεταξιού και επεξεργασμένο μετάξι από τη δεκαετία του '20, καθώς και αναπαράσταση του κύκλου ζωής της μέλισσας και της παραγωγής του μελιού.  Μεταξύ άλλων, υπάρχουν προπλάσματα ανθρώπινης καρδιάς και ήπατος που χρονολογούνται στο τέλος του 19ου αιώνα.

Στο Κέντρο, υπάρχουν χάρτες ταξινομημένοι ανά θεματική κατηγορία και μάθημα: Μυθολογίας, Θρησκευτικών Ιστορίας, Ζωολογίας,  Φυτολογίας,Ανθρωπολογίας και Γλωσσικής διδασκαλίας.

Ένα από τα πιο σημαντικά εκθέματα αυτής της ενότητας είναι η "Θεία Γραφή της Παλαιάς τε και Καινής Διαθήκης", η οποία τυπώθηκε το 1821 στη Μόσχα, από την Αυταδελφότητα των Ζωσιμάδων των εξ Ιωαννίνων και χρησίμευε  ως εγχειρίδιο κατά την περίοδο της Οθωμανοκρατίας στην Κρήτη.