Το ΚΕ.Μ.Ε.Ι.Ε.Δ.Ε. δίνει ιδιαίτερη έμφαση στην άμεση σωστική συντήρηση των πολύ κατεστραμμένων εκπαιδευτικών τεκμηρίων αλλά και στην προληπτική συντήρηση των υπόλοιπων.

Οι φθορές οφείλονται κυρίως στην μέχρι τώρα φύλαξη των τεκμηρίων σε ακατάλληλους χώρους. Αυτό έχει ως συνέπεια την παρουσία αλλοιώσεων που οφείλονται στην υγρασία, στη σκόνη, αλλά και στην ύπαρξη μικροοργανισμών και άλλων βιολογικών και περιβαλλοντικών παραγόντων. Ένας άλλος σημαντικός παράγοντας φθοράς των εκπαιδευτικών τεκμηρίων υπήρξε η μακροχρόνια χρήση τους.

Το Κέντρο συνεργάζεται με έμπειρη συντηρήτρια εξειδικευμένη στη συντήρηση του χαρτιού. Οι επεμβάσεις που γίνονται για τη συντήρηση και την προστασία των αντικειμένων σέβονται την ιστορία, την αισθητική υπόσταση, αλλά και τον τρόπο κατασκευής τους.

Έπειτα από την καλύτερη δυνατή συντήρηση τα αντικείμενα/ εκθέματα εκτίθενται στον χώρο της Διαρκούς/Διαδραστικής Έκθεσης Μουσειακού Υλικού, όπου με αφυγραντήρες και κλιματισμό ελέγχεται η υγρασία και η θερμοκρασία. Τα πιο ευαίσθητα εκπαιδευτικά τεκμήρια φυλάσσονται σε ειδικούς αντιόξινους αρχειακούς φακέλους και κουτιά.

Η φωτογραφική τεκμηρίωση και αποτύπωση όλων των σταδίων της συντήρησης χρησιμοποιείται, μεταξύ άλλων, και για εκπαιδευτικούς λόγους, κατά τη διάρκεια των πολιτιστικών εκπαιδευτικών προγραμμάτων.

Ομάδα ειδικών συνεργατών συντηρεί το ταλαιπωρημένο και φθαρμένο εκπαιδευτικό υλικό.